у меня так же... езжу, привык уже
скорее всего подшипник первичного вала.
Мне один знакомый мастер сказал, что на е39 с этим можно довольно долго ездить, а когда закончится, легче и дешевле поменять коробку в сборе, т.к. коробас стоит 10-14 тысяч, а капиталить его гораздо дороже