После w220 обе фуфлом покажутся, так что не парься
Но, как говорится, зато запчасти копейки стоят (в сравнении с 220-м).
А так ну что, ценник примерно одинаковый, плюсы е39 я для себя такие видел:
1. Больше, вместительней
2. Проще найти в хорошее комплектации
3. Комфорта больше, шумка лучше
4. В салоне выглядит богаче
Плюсы е46:
1. Чуть более современный кузов. По крайней мере 5 лет назад разница чувствовалась. Сейчас наверное уже пофиг.
Поэтому для меня выбор был очевиден, е46 даже не рассматривал.