Почитать о типичных проблемах 39-х можно тут:
[Для просмотра ссылки/изображения нужно войти или зарегистрироваться]
Если покапаться на форуме, то ответы на интересующие вопросы найдешь. Кстати на 46-м форуме как-то обсуждался выбор е39/е46, с плюсами и минусами каждой из машин.
На счет того кто из них дороже - вопрос спорный, тут больше от состояния зависит. У е39 нету слабых мест в сравнении с е46.
Только я бы посоветовал если брать 39-ю, то хотя бы 523-ю, а лучше 525-ю или 528-ю, ну и совсем хорошо 530-ю.